Při návrhu a vývoji nové Toyoty Yaris, postavené na nové podvozkové platformě GA-B, se uplatnily všechny nejnovější bezpečnostní opatření včetně velmi robustní a pevné struktury karoserie ve prospěch co nejlepší ochrany posádky. Vůz je prvním modelem značky Toyota, který bude centrálními airbagy SRS vybaven. Tyto airbagy, tvořící součást standardní výbavy, se aktivují v případě bočního nárazu a pomáhají zamezit vzájemnému střetu osob na předních sedadlech. Nová Toyota Yaris získala za vývoj a instalaci centrálních airbagů prestižní ocenění SAFETYBEST 2020. Yaris je totiž prvním modelem evropské třídy malých vozů s tímto prvkem výbavy. 

Nový Yaris je současně již od základní verze vybaven nejmodernější verzí systému Toyota Safety Sense, a dokonce je prvním modelem značky Toyota, v němž se objeví nejvyspělejší varianta tohoto systému. Kromě dosavadních funkcí (předkolizní bezpečnostní systém PCS s funkcí rozpoznávání chodců a cyklistů při jízdách ve městě, upozornění na opuštění jízdního pruhu LDA, radarový adaptivní tempomat ACC vč. asistenta pro udržení v jízdním pruhu) je nový Yaris vybaven i vyspělými systémy na podporu řízení, jako jsou nouzový asistent řízení a asistent pro odbočování na křižovatkách.